第6話　あらすじ

18人の小学生が山中で突如として失踪する謎の事件が発生。現場に向かったTOKYO MERの喜多見幸太（鈴木亮平）は、子供たちを捜索し、治療するためメンバーを分散する決断をする。これまでチーム一丸でピンチを乗り越えてきたメンバー達は、バラバラに闘うことに…。

音羽尚（賀来賢人）や弦巻比奈（中条あやみ）は原因不明の重症に陥った子供たちの治療に苦慮する中、喜多見も必死に処置に当たるが、必要な薬剤が全く足りない…！なす術のない喜多見に、最大の危機が襲いかかる！

第7話　あらすじ

外国人労働者が原因不明の症状を訴え、出動したTOKYO MER。集団食中毒事件と思われたが、なぜか現場は多くの警察官によって占拠されていた。

事態の真相が見えないまま傷病者を搬送しようとする喜多見幸太（鈴木亮平）だったが、そこに公安刑事・月島しずか（稲森いずみ）が現れ、患者の身柄を拘束してしまう。

この事件の背景には、政府を揺るがす大きな事件と驚くべき喜多見の秘密が…それは喜多見の「空白の1年」にも繋がっていた！

第8話　あらすじ

とある病院で、停電により全ての医療機器が停止！　多くの患者が死に直面するパニックに…！

出動した喜多見幸太（鈴木亮平）らMERメンバーだが、“空白の1年”の秘密を知ってしまった音羽尚（賀来賢人）は激しく反発。「そんな人に命を預けることはできない、命令には従わない」と宣言し、MERメンバーの信頼関係は崩壊してしまう…。

そんな中、患者を救うため単独で屋外の発電機復旧に向かった喜多見を、恐るべき危機が襲う！

第9話　あらすじ

外国大使館で二酸化炭素中毒事故が発生！　出動したMERに「大使館内は各国の領土であり、許可なく立ち入れない」という法律の壁が立ち塞がる。

一方、都知事・赤塚梓（石田ゆり子）は持病で倒れてしまう…。指揮官不在の中、救助に向かった喜多見幸太（鈴木亮平）とレスキューの千住幹生（要潤）が患者とともに地下駐車場に閉じ込められた！

時間が経つにつれ酸素は薄れ、患者の容体は悪化…。絶体絶命のピンチに、命を救うため危険な賭けに挑む！

第10話　あらすじ

喜多見幸太（鈴木亮平）がテロ組織への関与を疑われ、出動禁止を命じられたMER。そんな中、ある大学で爆破事件が！　救助のため駆け付けた喜多見と音羽尚（賀来賢人）だったが、それは更なる爆破テロを仕掛けたエリオット・椿（城田優）の罠だった。

爆弾を仕掛けた校舎内で重傷者のオペを行う2人だったが、SNSの噂を信じ込んだ学生達は喜多見をテロリストと疑い、とんでもない行動に…2人を襲う最大の危機。そしてついに、初めての死者が発生する…!?

最終回　あらすじ

最愛の妹・喜多見涼香（佐藤栞里）を亡くし、失意のどん底にいた喜多見幸太（鈴木亮平）はMER脱退を告げる。

都知事の赤塚梓（石田ゆり子）は意識不明のまま生死の境をさまよっていた。

そして、音羽尚（賀来賢人）は大物政治家・天沼夕源（桂文珍）に逆らえないまま、遂にMER解散が決定しようとしていた…。

そんな中、エリオット・椿（城田優）による連続爆破テロで東京中が炎上。多くの負傷者が出るが、喜多見も音羽も出動せず、ERカーの使用も禁じられてしまう！

最大のピンチを迎えたメンバー。しかし、その時…喜多見の心を震わせる「言葉」が響いた。

TOKYO MERの最後の出動の物語。