女優の沢口靖子から気になるコメントが届いた。「新年1月3日よる9時放送の『科捜研の女 正月スペシャル』にて、 みなさまに重大なお知らせか?あります。ぜひ、最後までお見逃しなく」とのこと。1999年の放送開始から20年の『科捜研の女』に何か起きるのか？　榊マリコ役の沢口によって語られる重大発表とは？

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　テレビ朝日系で放送される『科捜研の女 正月SP』（1月3日　後9：00〜11：10）は、カジノ運営を可能にする統合型リゾート（IR）という旬の話題を取り入れつつ、連続爆破事件というスリリングな事件にマリコら科捜研チームと土門刑事（内藤剛志）たちが挑む。

　沢口、内藤らおなじみのレギュラー陣のほか、マリコらに協力する京都府庁の巽省吾に宅麻伸、京都府警爆発物処理班・黒部隆次に堀部圭亮、事件現場となった山林の所有者・水野珠美に宮崎美子、そして被害者の発破技士の弟で同じく発破技士の一ノ瀬駿にダチョウ倶楽部の上島竜兵がゲスト出演。さらに2019年1月から『科捜研の女』に続く「木曜ミステリー」枠（毎週木曜　後8：00）でスタートする新ドラマ『刑事ゼロ』の主人公・時矢暦彦刑事を演じる沢村一樹も緊急参戦。沢口×沢村の初共演が実現する。

■『科捜研の女 正月スペシャル』あらすじ
　京都府が民間事業者のカジノ運営を可能にする統合型リゾート（IR）の誘致に立候補する中、とある山中で爆薬による爆発事件が発生。破壊された小屋の中から男性の遺体が発見された。

　現場で捜査をするマリコ（沢口）、土門（内藤）らと合流した京都府庁土木建築部の巽省吾（宅麻）によると、現場の土地と小屋の所有者は不明だという。人事交流で京都府警から府庁の用地認定課へ異動していた巽は、現場がIRに繋がる道路になる計画があるため長年にわたって所有者を探していた。

　マリコらの鑑定作業で爆薬の種類が判明、犯人が使用した車のタイヤ痕も検出された。さらに被害者の身元がIR道路の工事関係者で発破技士の一之瀬廉（岡大介）と判明。車は廉が勤務する建設会社のものとわかった。廉の弟で同じ会社に勤務する発破技士・一之瀬駿（上島）は、兄は爆破解体予定の小屋の下見に会社の車で行ったのだろうと言うが、現場にも会社にも車はない。犯人が逃亡に使用したのか？

　そんな中、巽が探し続けてきた土地の所有者が、突然名乗り出てきた。所有者は水野珠美（宮崎）という女性で、亡き父親が残した山林ばかりの土地の扱いに困っていたと文句を並べる始末だった…。

　一方でマリコらは、科学捜査で犯人の車を追跡することに。マリコは現場の山に詳しい巽の同行の許可を藤倉（金田明夫）から得るが、その際、藤倉は土門のためにも必ず犯人を追い詰めろと言う。土門のために？　疑問を抱くマリコだが、藤倉は土門から直接聞けと言うだけだ。藤倉の発言の真意とは？

　爆発物処理班の黒部隆次（堀部圭亮）も同行し、マリコらは険しい山道を辿っていくのだが、マリコや土門らに、次第に爆弾魔の影が忍び寄って…!?