昨年9月、今年1月にも放送され、毎回、東京湾で初確認となる生物を捕獲して話題となった番組の第3弾『東京湾大調査3〜全800種！激レアから猛毒までお魚コンプリート〜』が14日（後6：55〜8：54）にテレビ東京ほかで放送される。今回は、東京湾を知り尽くす伝説の漁師による「深海刺し網漁」に密着。世界3例目となる「ナツシマチョウジャゲンゲ」を発見したという。

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　ほかにも、東京湾初発見となる「ヒゲキホウボウ」「ヒウチダイ」「ナンヨウキンメ」などの捕獲に成功。そんな中、AKB48・大家志津香も、東京湾にサンゴ礁が存在するという話を確かめるため、自ら海へ。絶滅したと思われていた「ムギワラエビ」を発見する大手柄を上げていた。ムギワラエビは、2015年に東京湾では135年ぶりに発見された後、見たという報告がなかったが、今回の番組撮影で確認されたのだった。

　ほかに、世界でも有数の船が行き交う混雑海域である東京湾をパトロールする海上保安庁の巡視船にテレビ初となる密着取材を敢行。東京湾の最深部・水深700メートルに、東京海洋大学の学生たちが手作りの深海カメラで撮影に挑む。MCのメイプル超合金・安藤なつは、深海の水圧の恐ろしさを体験。ボビー・オロゴンは、東京湾でシャークハンティング＆撮影をリポート。メイプル超合金・カズレーザーとU字工事は“お魚博士”の中学生と共に、東京湾の危険生物を調査し、危険生物ランキングを発表する。